V času "brez državljanstva" po smrti Ivana Groznega so z bolnim in šibkim Fjodorjem začeli bojarji odprt boj za oblast. Najmočnejši med njimi je bil nekdanji opričnik Godunov. Po Teodorjevi smrti je patriarh Job zbral zemski zbor za izvolitev novega vladarja. V tej katedrali so se zbrali svet patriarha, bojarska duma in uslužbenci ter predstavniki trgovskega in industrijskega prebivalstva Moskve. Najverjetnejša kandidata sta bili dve osebi: cesarjev svak Boris Fjodorovič Godunov in bratranec carja Fjodorja, najstarejši sin Nikite Romanoviča - Fjodor Nikitič Romanov.
Leta vladanja Borisa Godunova so prišla v težkem času v zgodovini ruske države. To je bilo obdobje od 1598 do 1605. Pravzaprav je bil bodoči car na oblasti že pod bolnim sinom Ivana Groznega, Fjodorjem.
Vladavina Borisa Godunova se je začela dvoumno. Februarja 1598 je svet ponudil prestol Borisu, a je ta zavrnil. Da bi se strinjal, je bila organizirana verska procesija v Dekliški samostan, kjer je bival Boris s svojo sestro. Bodoči kralj je bil prisiljen privoliti, da se povzpne na prestol. Tako je bila izvolitev Godunova priljubljena. Vendar pa hkrativeljalo je, da se je skrivaj zatekel k grožnjam in podkupovanju, da bi to dosegel.
Boris je bil poročen s kraljestvom šele 1. septembra, prepričan v moč ljudskih volitev. Vladavina Borisa Godunova se je po vsej dolžini odlikovala s skrajno previdnostjo. Bal se je poskusov njegove oblasti, odstranil je vse bojarje, ki so mu bili sumljivi. Njegov pravi tekmec je bil le Fedor Nikitič Romanov, zaradi česar so bili vsi Romanovi obtoženi zarote proti suverenu. Bojarji niso marali carja, saj so ga imeli za naslednika Groznega s svojim preganjanjem plemstva.
Vladanje Borisa Godunova je bilo nadaljevanje Fjodorjeve politike oziroma tega, kar je Godunov počel pod njim. Z vsemi sredstvi si je prizadeval obnoviti blaginjo ljudi, ki je bila kršena v dobi Groznega. V zunanji politiki se je skušal izogniti spopadom, vzdržati se novih vojn. Skrbel je za krepitev pravice, hotel je biti dober gospodar za ljudi. Preprostim ljudem je res dal veliko koristi. Tri leta zapored, od leta 1601, je prišlo do izpada pridelka, kar je povzročilo množično smrt zaradi lakote. Boris je organiziral brezplačno razdelitev kruha lačnim iz kraljeve zakladnice, začel je z velikimi zgradbami v prestolnici, da bi ljudem dajal dohodek.
Vladanje Borisa Godunova je spremljala lakota, rop, a to ni bila njegova krivda. Vendar je to prispevalo k rasti nezadovoljstva s kraljem. Lakoti je sledila druga nesreča - ljudska vstaja za samooklicanega careviča Dmitrija. Med tem bojem je BorisGodunov je nepričakovano umrl (1605).
Godunov je pripisoval velik pomen evropskemu izobraževanju. Kralj je komuniciral s tujimi strokovnjaki s področja tehnologije in medicine, jih rad vzel v javno službo. Mlade je pošiljal v tuje države, nameraval je urediti moskovske šole na tuj način. Oblikoval je vojaški odred Nemcev po tujem vzoru. Pod Godunovim je moskovsko vlado očitno pritegnilo tesnejše stike z razsvetljenim Zahodom in asimilacijo evropskega znanja.
Tako vladavina Borisa Godunova večina zgodovinarjev na kratko opisuje. Mnogi dvomijo, kako zakonito je dobil oblast, saj verjamejo, da je bilo njegovo delo umor najmlajšega sina Groznega, Tsareviča Dmitrija, v Uglichu.
